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DianaOaxaca authored Oct 24, 2024
1 parent ffc13fa commit 2b0c498
Showing 1 changed file with 6 additions and 5 deletions.
11 changes: 6 additions & 5 deletions _extras/ImprovingMAG.md
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -33,6 +33,7 @@ Para obtener MAGs podemos seguir el siguiente flujo de análisis:
<img src="{{ page.root }}/fig/extrasMAGs/01.MAGs_workflow.png" alt="Flujo de trabajo para Metagenómica Centrada en Genomas" />
</a>

<br>

Ya que discutimos como seguir un flujo de análisis para reconstruir genomas entremos en acción, para ello analizaremos el metagenoma del pozol.

Expand All @@ -45,6 +46,7 @@ se consume desde tiempos prehispánicos y se ha estudiado desde los años 50s.
<img src="{{ page.root }}/fig/extrasMAGs/02.Pozolhistoria.png" alt="Proceso de elaboración del pozol" />
</a>

<br>
Algunos puntos importantes que conocemos son:

<FONT COLOR="darkblue">
Expand All @@ -62,22 +64,19 @@ Algunos puntos importantes que conocemos son:
🧬🔊🦠 Imaginemos que se quiere impulsar la producción de esta bebida y para ello necesitan saber todo acerca de su naturaleza microbiana.

Una importante industria alimenticia los contacta como `expertos en ecología microbiana` y les pide ayuda para descubrir los siguientes puntos:

<br>

<FONT COLOR="darkblue">
* ¿Qué actores microbianos están presentes durante el proceso de fermentación?<br>
</FONT>
<FONT COLOR="darkblue">
* ¿Cómo ocurre la bioconversión del maíz durante la fermentación, quién participa y cómo lo hace? ¿Qué funciones metabólicas están ocurriendo?<br>
</FONT>
<FONT COLOR="darkblue">
* ¿Cambia la comunidad microbiana a lo largo del proceso?<br>
</FONT> <br>

La empresa secuenció cuatro puntos de fermentación de muestras que se obtuvieron en un mercado de Tabasco.
Las muestras se secuenciaron con Illumina NextSeq500 con lecturas pareadas de 75 pb.
Los datos están públicos bajo el Bioproject: [PRJNA648868](https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA648868)

<br>
<a href="{{ page.root }}/fig/extrasMAGs/03.Pozol_fermentation.png">
<img src="{{ page.root }}/fig/extrasMAGs/03.Pozol_fermentation.png" alt="Puntos de fermentación" />
</a>
Expand Down Expand Up @@ -134,6 +133,8 @@ Cómo vamos a trabajar durante el taller?
{: .callout}
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<p align="justify">
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