Genome Fractionation Biais

Description

L'objectif de ce projet est de mesurer le biais de fractionnement entre les choromosomes homologues de Malus domestica. Le génome de Prunus persica sert de référence pour la comparaison interchromosomique de Malus domestica.

The goal of this project is to measure the fractionation biais between homologous chromosomes of Malus domestica. Prunus persica genome is the reference for the interchomosomic comparison of Malus domestica.

Prérequis

• Python 3.9.2
  • numpy 1.23.1
  • pandas 1.4.3
  • plotly 5.9.0
  • plotly.express 0.4.1
  • scipy 1.8.1
• i-ADHoRe 3.0.01
• blastp 2.11.0

Installation à destination du personnel de l'IRHS INRAE Angers

Télécharger le projet Genome Fractionation Biais - IRHS dans votre espace de stockage local.

Copier ce projet de votre espace de stockage local sur le cluster de calcul.

scp -r [path/to/]genome-fractionation-biais [user]@[cluster]:~

Création d'un environnement i-ADHoRe 3 grâce à conda.

conda create -c thiesgehrmann -c bioconda -c conda-forge -n iadhore_env iadhore

Input files

Dans le dossier data :

• un dossier MD_lst contenant :
  • la liste des gènes de Malus domestica, sous la forme Md01.lst, Md02.lst, ... Md17.lst
• un dossie PP_lst contenant :
  • la liste des gènes de Prunus persica, sous la forme Pp01.lst, Pp02.lst, ... Pp08.lst
• le protéome de Malus domestica au format .fasta avec le nom Malus-domestica-prot.fasta
• le protéome de Prunus persica au format .fasta avec le nom Prunus-persica-prot.fasta
• éventuellement le génomes de Malus domestica au format .fasta avec le nom Malus-domestica-nucl.fasta
• éventuellement le génomes de Prunus persica au format .fasta avec le nom Prunus-persica-nucl.fasta

Utilisation

Lancement

1. Dans un terminal, se connecter au serveur de calcul par ssh.

ssh cluster-irhs.angers-nantes.inrae.fr

2. Déplacer le répertoire courant dans le dossier genome-fractionation-biais.

cd [path/to/]genome-fractionation-biais

3. Activer l'environnement virtuel avec i-ADHoRe.

conda activate iadhore_env

4. Créer l'arborescence de dossiers.

mkdir "data" "log"

5. Enregistrer les input files dans le dossier data.

6. Lancer le programme.

./main.sh

6. bis. Lancer le programme sur les génomes plutôt que les protéomes :

./main.sh -n

Résultats

Les résultats sont dans le dossier results/python/.

Les résultats intermédiaires sont dans database/, results/blast/ et results/iadhore/.

Le premier lancement prendra du temps, notamment pendant le blast. Lors des lancements suivants, le programme ne réalisera pas les tâches qu'il à déjà faites, sauf si les fichiers de résultats sont supprimés, ou si une option est passée pour forcer leur rééxecution.

Options

Afficher les options disponibles :

./main.sh -h

Forcer la réexécution de toutes les tâches :

./main.sh -a

Forcer la réexécution de certaines tâches avec -b -i -p ou n'importe quelle combinaison des trois :

./main.sh -b    # makeblastdb et blast
./main.sh -i    # iadhore
./main.sh -p    # python

Author

Adèle DESMAZIERES