@@ -85,19 +87,19 @@ conda activate binning
{: .bash}
Ahora que ya tenemos el ambiente activado ejecutemos metabat: -~~~ -metabat2 -i results/02.ensambles/48hrs.fasta -a results/03.profundidad/48hrs.mgh_depth.txt -o results/04.metabat/metabat -t 4 -m 1500 -seed 123 -~~~ -{: .bash} +``` bash +metabat2 -i results/02.ensambles/48hrs.fasta -a results/03.profundidad/48hrs.mgh_depth.txt -o results/04.metabat/metabat -t 4 -m 1500 -seed 123 +``` +
Se sabe que el valor mínimo de contig para reducir errores es 2000, lo puedes ver en la [figura 6 de este artículo](https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1038%2Fnmeth.3103/MediaObjects/41592_2014_BFnmeth3103_MOESM187_ESM.pdf). - +
> ## Responde -> ¿Cuántos bins se formaron? -> ¿Qué parámetros cambiarías o agregarías? +> ¿Cuántos bins se formaron? +> ¿Qué parámetros cambiarías o agregarías? >> ## Solución ->> `ls results/04.metabat/` ->> `metabat2 –-help` +>> `ls results/04.metabat/` +>> `metabat2 –-help` > {: .solution} {: .challenge} @@ -110,21 +112,22 @@ conda deactivate ### MaxBin2 -[MaxBin2](https://sourceforge.net/projects/maxbin/files/) agrupa los contigs de acuerdo a la información de cobertura, composición nucleotídica y genes **de marcadores de copia única**. - -Vamos a ejecutarlo, activemos el [ambiente conda](#0) para maxbin. - -::: callout-caution -## Activar ambiente para MaxBin2 - -- betterlab +[MaxBin2](https://sourceforge.net/projects/maxbin/files/) agrupa los contigs de acuerdo a la información de cobertura, composición nucleotídica y `marcadores de copia única`. +
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+ MaxBin2. Wu et al., 2014. https://doi.org/10.1186/2049-2618-2-26>
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- ``` bash - conda activate metagenomics - ``` -::: +Vamos a ejecutarlo, activemos el ambiente. -[{width="371"}](https://doi.org/10.1186/2049-2618-2-26) +``` bash +conda activate metagenomics +``` Crea el directorio para los resultados de MaxBin2 @@ -135,42 +138,35 @@ mkdir -p results/05.maxbin Ahora si, vamos a ejecutarlo. ``` bash - run_MaxBin.pl -thread 4 -min_contig_length 1500 -contig results/02.ensambles/48hrs.fasta -out results/05.maxbin/48hrs_maxbin -abund results/03.profundidad/48hrs.mgh_depth.txt ``` -::: {.callout-important collapse="true" title="Ejercicio:"} -1\. ¿Cuántos bins se formaron? - -2\. ¿Qué porcentaje de completitud tienen?? - -::: {.callout-tip collapse="true" title="Solución"} -1. `ls results/05.maxbin/*.fasta | wc -l` -2. `cat results/05.maxbin/48hrs_maxbin.summary | column -t` -::: -::: - -::: callout-caution -## Desactiva el ambiente +> ## Responde +> 1. ¿Cuántos bins se formaron? +> 2. ¿Qué porcentaje de completitud tienen? +>> ## Solución +>> `ls results/05.maxbin/*.fasta | wc -l` +>> `cat results/05.maxbin/48hrs_maxbin.summary | column -t` +> {: .solution} +{: .challenge} +
+Desactiva el ambiente ``` bash conda deactivate ``` -::: +
### Vamb [VAMB](https://vamb.readthedocs.io/en/latest/) utiliza una combinación de enfoques de aprendizaje profundo y técnicas de agrupamiento basándose en sus patrones de composición de nucleótidos y en la co-ocurrencia de sus frecuencias de cobertura. -::: callout-caution -## Activa el ambiente binning - -- betterlab +
+Activa el ambiente binning - ``` bash - conda activate binning - ``` -::: +``` bash +conda activate binning +``` Vamos a correr vamb, pero primero crea el directorio de resultados @@ -184,16 +180,14 @@ Ejecutemos vamb: vamb --fasta results/02.ensambles/48hrs.fasta --jgi results/03.profundidad/48hrs.mgh_depth.txt --minfasta 500000 --outdir results/06.vamb/48hrs ``` -::: callout-important -Si quisieras recuperar los genomas de virus ¿Qué parámetro cambiarías? -::: - -::: callout-tip -## Otros programas para binning +> ## Responde +> Si quisieras recuperar los genomas de virus ¿Qué parámetro cambiarías? +{: .challenge} -Recientemente se publicó COMEBin, que utiliza un enfoque distinto a lo que hemos usado en este tutorial. En el siguiente [link](https://github.com/ziyewang/COMEBin) encontrarás el manual y una explicación general sobre su funcionamiento. -::: +> ## Otros programas para binning +> Recientemente se publicó COMEBin, que utiliza un enfoque distinto a lo que hemos usado en este tutorial. En el siguiente [link](https://github.com/ziyewang/COMEBin) encontrarás el manual y una explicación general sobre su funcionamiento. +{: .callout} > ## 🧠 Para tenerlo presente > En bioinformática cualquier línea de comandos generará un resultado, de ahí a que esos resultados sean correctos puede haber una gran diferencia.