An abnormal VCF file.

[majssssa]

After successfully running Cactus-Pangenome, I obtained a VCF file that appeared to be highly irregular. In the sample column of this VCF file, many species are represented by a dot (.).

Chr1 45168427 >44267>44270 C T 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44267>44268>44270,>44267>44269>44270;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45168460 >44270>44273 T C 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44270>44271>44273,>44270>44272>44273;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45168475 >44273>44276 G C 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44273>44274>44276,>44273>44275>44276;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45168503 >44276>44279 C A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44276>44277>44279,>44276>44278>44279;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45168648 >44279>44281 A AG 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44279>44281,>44279>44280>44281;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45168660 >44281>44284 A G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44281>44282>44284,>44281>44283>44284;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45168695 >44284>44287 G C 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44284>44285>44287,>44284>44286>44287;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45168706 >44287>44290 T C 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44287>44288>44290,>44287>44289>44290;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45168714 >44290>44293 A G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44290>44291>44293,>44290>44292>44293;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45168753 >44293>44295 CAT C 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44293>44294>44295,>44293>44295;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45168972 >44295>44298 T A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44295>44296>44298,>44295>44297>44298;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45169055 >44298>44300 G GC 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44298>44300,>44298>44299>44300;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45169087 >44300>44303 T C 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44300>44301>44303,>44300>44302>44303;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45169209 >44303>44306 A T 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44303>44304>44306,>44303>44305>44306;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45169211 >44306>44309 A G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44306>44307>44309,>44306>44308>44309;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45169234 >44309>44311 GA G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44309>44310>44311,>44309>44311;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45169270 >44311>44314 T A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44311>44312>44314,>44311>44313>44314;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45169331 >44314>44317 CA AT 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44314>44315>44317,>44314>44316>44317;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45169450 >44317>44320 A G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44317>44318>44320,>44317>44319>44320;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45169490 >44320>44323 A G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44320>44321>44323,>44320>44322>44323;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45169565 >44323>44326 G A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44323>44324>44326,>44323>44325>44326;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45169726 >44326>44329 A C 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44326>44327>44329,>44326>44328>44329;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45169745 >44329>44332 T G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44329>44330>44332,>44329>44331>44332;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45169757 >44332>44335 T C 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44332>44333>44335,>44332>44334>44335;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45169846 >44335>44338 G A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44335>44336>44338,>44335>44337>44338;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45169920 >44338>44341 G A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44338>44339>44341,>44338>44340>44341;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45169982 >44341>44344 G A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44341>44342>44344,>44341>44343>44344;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45170025 >44344>44347 T G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44344>44345>44347,>44344>44346>44347;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45170139 >44347>44350 C G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44347>44348>44350,>44347>44349>44350;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45170186 >44350>44353 A C 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44350>44351>44353,>44350>44352>44353;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45170208 >44353>44356 C A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44353>44354>44356,>44353>44355>44356;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45170211 >44356>44359 T C 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44356>44357>44359,>44356>44358>44359;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45170260 >44359>44362 C A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44359>44360>44362,>44359>44361>44362;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45170367 >44362>44365 T C 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44362>44363>44365,>44362>44364>44365;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45170405 >44365>44368 C T 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44365>44366>44368,>44365>44367>44368;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45170413 >44368>44371 G A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44368>44369>44371,>44368>44370>44371;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45170418 >44371>44374 C A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44371>44372>44374,>44371>44373>44374;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45170433 >44374>44377 T C 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44374>44375>44377,>44374>44376>44377;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45170527 >44377>44380 A G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44377>44378>44380,>44377>44379>44380;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45170549 >44380>44383 C A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44380>44381>44383,>44380>44382>44383;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45170575 >44383>44386 A G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44383>44384>44386,>44383>44385>44386;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45170598 >44386>44389 A C 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44386>44387>44389,>44386>44388>44389;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45170603 >44389>44391 ATAAACTACAAAAAGCATCATCAAAAGAATACTCGCACTACACGTTTTAAAATCACCAAAGACCTATAAACTACAGATCGTTAACCTCTAAATTTCAGATTTCAAAACTAAATACAAACGAAAAAACTATCATAATCACTTAATCAGTAAGTAAGTTTTAGTTCTTCAGGTTTAACAATCCCAAAACAACATAGAGGAGAGTAAATAAATAATAAACTTACAAAACAACATTATGGTCGACTCATCATGTTTTAACTAAAAAAAAGTACGTCATAAGTGATAACTTCATGAAACAAGAATCGAGAAGACATCGAATAAAATAAAACCACATAAAAGGAAATGCTTATGGCAATTACGTCTAAGAAGCAAGCTTAGTTTATTCATACTTTGAGAACCATCAAACAATATCCATTAAATATAATGATATGAAAGTGACTGCAGCCAATAAAGTAATGCTTACTTGGTTGAAGGCACGCAATAAGCTTCCGCTGACAGCACCATTTAGCTCCAACGGTCCATCCACATCATAAGTTCCTGAAAAGAACTTTCATTATACAGCCCCTATCTTCAAAAACCGTAAAAAATGCATATAACGAGTATAACTTCTAGGCAATTAACCATCATTCTTTTTAAGACTCATTAGTTCCAATAATGATCTTCAGTACATACTCAACAATAACCTCAGAAACAACACAAAAAACGCCAAGAACTCCATAACCTTTTTTGGTAGCCCTGCAAGCATT A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44389>44390>44391,>44389>44391;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45171400 >44391>44394 C T 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44391>44392>44394,>44391>44393>44394;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45171421 >44394>44397 A G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44394>44395>44397,>44394>44396>44397;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45171521 >44397>44400 G C 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44397>44398>44400,>44397>44399>44400;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45171536 >44400>44403 C A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44400>44401>44403,>44400>44402>44403;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45171601 >44403>44406 G A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44403>44404>44406,>44403>44405>44406;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45171713 >44406>44409 G A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44406>44407>44409,>44406>44408>44409;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45171772 >44409>44412 G A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44409>44410>44412,>44409>44411>44412;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45171781 >44412>44415 A G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44412>44413>44415,>44412>44414>44415;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45171970 >44415>44417 ATACAAATTAAGGTCCGCAAATTATTAATAATTTTCTAATGTACCAATAATTTA A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44415>44416>44417,>44415>44417;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45172033 >44417>44419 AC A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44417>44418>44419,>44417>44419;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45172041 >44419>44421 ACCAAAAATT A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44419>44420>44421,>44419>44421;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45172093 >44421>44424 T C 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44421>44422>44424,>44421>44423>44424;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45172125 >44424>44427 T C 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44424>44425>44427,>44424>44426>44427;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45172164 >44427>44430 A G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44427>44428>44430,>44427>44429>44430;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45172203 >44430>44433 A T 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44430>44431>44433,>44430>44432>44433;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45172301 >44433>44436 T G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44433>44434>44436,>44433>44435>44436;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45172341 >44436>44439 G A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44436>44437>44439,>44436>44438>44439;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45172387 >44439>44442 G A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44439>44440>44442,>44439>44441>44442;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45172397 >44442>44445 A G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44442>44443>44445,>44442>44444>44445;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45172454 >44445>44447 G GT 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44445>44447,>44445>44446>44447;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45172496 >44447>44450 G T 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44447>44448>44450,>44447>44449>44450;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45172503 >44450>44452 GAGAGATGAGTAAATGAAAT G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44450>44451>44452,>44450>44452;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45172533 >44452>44455 A T 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44452>44453>44455,>44452>44454>44455;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45172577 >44455>44458 T A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44455>44456>44458,>44455>44457>44458;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 45172646 >44458>44461 C T 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>44458>44459>44461,>44458>44460>44461;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 55381593 >54440>54443 G A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>54440>54441>54443,>54440>54442>54443;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 55381817 >54443>54446 G A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>54443>54444>54446,>54443>54445>54446;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 55381984 >54446>54449 C T 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>54446>54447>54449,>54446>54448>54449;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 55381992 >54449>54452 A G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>54449>54450>54452,>54449>54451>54452;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 55382003 >54452>54455 A G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>54452>54453>54455,>54452>54454>54455;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 55382016 >54455>54458 A T 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>54455>54456>54458,>54455>54457>54458;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 55382061 >54458>54461 G A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>54458>54459>54461,>54458>54460>54461;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 55382073 >54461>54464 G A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>54461>54462>54464,>54461>54463>54464;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 55382078 >54464>54467 C A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>54464>54465>54467,>54464>54466>54467;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 55382154 >54467>54470 T A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>54467>54468>54470,>54467>54469>54470;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 55382243 >54470>54473 T C 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>54470>54471>54473,>54470>54472>54473;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 55382280 >54473>54476 T C 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>54473>54474>54476,>54473>54475>54476;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
Chr1 55382358 >54476>54479 G A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>54476>54477>54479,>54476>54478>54479;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
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Chr1 116422861 >114534>114536 A AAG 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>114534>114536,>114534>114535>114536;AN=1;AC=1 GT . . . . 1
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Chr1 126709883 >126966>126969 T C 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>126966>126968>126969,>126966>126967>126969;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126709886 >126969>126972 C T 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>126969>126971>126972,>126969>126970>126972;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126709888 >126972>126975 C T 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>126972>126974>126975,>126972>126973>126975;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126709898 >126975>126978 G A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>126975>126977>126978,>126975>126976>126978;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126709904 >126978>126981 G T 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>126978>126980>126981,>126978>126979>126981;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126709906 >126981>126984 G T 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>126981>126983>126984,>126981>126982>126984;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126709913 >126984>126987 T G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>126984>126986>126987,>126984>126985>126987;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126709917 >126987>126990 G A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>126987>126989>126990,>126987>126988>126990;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126709920 >126990>126993 T C 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>126990>126992>126993,>126990>126991>126993;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126709927 >126993>126996 A G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>126993>126995>126996,>126993>126994>126996;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126709937 >126996>126999 C T 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>126996>126998>126999,>126996>126997>126999;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126709955 >126999>127002 G T 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>126999>127001>127002,>126999>127000>127002;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126709960 >127002>127005 A T 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127002>127004>127005,>127002>127003>127005;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126709974 >127005>127008 T A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127005>127007>127008,>127005>127006>127008;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126709980 >127008>127011 T G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127008>127010>127011,>127008>127009>127011;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126709982 >127011>127014 A T 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127011>127013>127014,>127011>127012>127014;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710006 >127014>127017 G A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127014>127016>127017,>127014>127015>127017;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710016 >127017>127020 T G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127017>127019>127020,>127017>127018>127020;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710026 >127020>127023 T G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127020>127022>127023,>127020>127021>127023;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710028 >127023>127026 G A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127023>127025>127026,>127023>127024>127026;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710031 >127026>127029 T C 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127026>127028>127029,>127026>127027>127029;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710032 >127029>127031 T TG 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127029>127031,>127029>127030>127031;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710037 >127031>127034 G A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127031>127033>127034,>127031>127032>127034;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710043 >127034>127037 C T 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127034>127036>127037,>127034>127035>127037;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710047 >127037>127040 T C 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127037>127039>127040,>127037>127038>127040;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710049 >127040>127043 A G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127040>127042>127043,>127040>127041>127043;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710054 >127043>127046 G A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127043>127045>127046,>127043>127044>127046;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710059 >127046>127049 TG AA 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127046>127048>127049,>127046>127047>127049;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710076 >127049>127052 G A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127049>127051>127052,>127049>127050>127052;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710087 >127052>127055 G A 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127052>127054>127055,>127052>127053>127055;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710099 >127055>127058 GT AA 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127055>127057>127058,>127055>127056>127058;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710102 >127058>127061 A T 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127058>127060>127061,>127058>127059>127061;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710107 >127061>127064 AT TC 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127061>127063>127064,>127061>127062>127064;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710115 >127064>127067 T G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127064>127066>127067,>127064>127065>127067;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710117 >127067>127069 CTT C 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127067>127068>127069,>127067>127069;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710140 >127069>127072 T G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127069>127071>127072,>127069>127070>127072;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710143 >127072>127075 C T 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127072>127074>127075,>127072>127073>127075;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710145 >127075>127078 A G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127075>127077>127078,>127075>127076>127078;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710147 >127078>127081 A G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127078>127080>127081,>127078>127079>127081;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710160 >127081>127084 A C 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127081>127083>127084,>127081>127082>127084;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710167 >127084>127087 A G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127084>127086>127087,>127084>127085>127087;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710178 >127087>127089 G GTGTTACACA 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127087>127089,>127087>127088>127089;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710192 >127089>127092 AC GT 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127089>127091>127092,>127089>127090>127092;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710210 >127092>127095 CA TC 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127092>127094>127095,>127092>127093>127095;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710222 >127095>127098 G C 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127095>127097>127098,>127095>127096>127098;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710228 >127098>127101 A G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127098>127100>127101,>127098>127099>127101;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710233 >127101>127104 GA AT 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127101>127103>127104,>127101>127102>127104;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710238 >127104>127106 CAAA C 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127104>127105>127106,>127104>127106;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710247 >127106>127109 A C 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127106>127108>127109,>127106>127107>127109;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710259 >127109>127111 T TCC 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127109>127111,>127109>127110>127111;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710266 >127111>127114 T C 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127111>127113>127114,>127111>127112>127114;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710270 >127114>127117 C T 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127114>127116>127117,>127114>127115>127117;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .
Chr1 126710272 >127117>127120 A G 60 . NS=1;LV=0;AF=1;AT=>127117>127119>127120,>127117>127118>127120;AN=1;AC=1 GT 1 . . . .

This is the VCF file

[majssssa]

Chr_unchrom.zip

[glennhickey]

. means there is no haplotype found for that sample in the site. If the sample is mostly .'s then it probably did not align very well to the reference.