Defining DNA and RNA structure
Nucleotide_base = {
"DNA": ["A", "T", "C", "G"],
"RNA": ["A", "U", "C", "G"]
}Defining DNA and RNA codons
Dictionaries in Python are defined as key:value structures which were used to store the "meaning" of each codon and so, and elegant form of iterate a string looking for an amino acid.
DNA_Codons = {
# 'M' - START, '_' - STOP
"GCT": "A", "GCC": "A", "GCA": "A", "GCG": "A",
"TGT": "C", "TGC": "C",
"GAT": "D", "GAC": "D",
"GAA": "E", "GAG": "E",
"TTT": "F", "TTC": "F",
"GGT": "G", "GGC": "G", "GGA": "G", "GGG": "G",
"CAT": "H", "CAC": "H",
"ATA": "I", "ATT": "I", "ATC": "I",
"AAA": "K", "AAG": "K",
"TTA": "L", "TTG": "L", "CTT": "L", "CTC": "L", "CTA": "L", "CTG": "L",
"ATG": "M",
"AAT": "N", "AAC": "N",
"CCT": "P", "CCC": "P", "CCA": "P", "CCG": "P",
"CAA": "Q", "CAG": "Q",
"CGT": "R", "CGC": "R", "CGA": "R", "CGG": "R", "AGA": "R", "AGG": "R",
"TCT": "S", "TCC": "S", "TCA": "S", "TCG": "S", "AGT": "S", "AGC": "S",
"ACT": "T", "ACC": "T", "ACA": "T", "ACG": "T",
"GTT": "V", "GTC": "V", "GTA": "V", "GTG": "V",
"TGG": "W",
"TAT": "Y", "TAC": "Y",
"TAA": "_", "TAG": "_", "TGA": "_"
}RNA_Codons = {
# 'M' - START, '_' - STOP
"GCU": "A", "GCC": "A", "GCA": "A", "GCG": "A",
"UGU": "C", "UGC": "C",
"GAU": "D", "GAC": "D",
"GAA": "E", "GAG": "E",
"UUU": "F", "UUC": "F",
"GGU": "G", "GGC": "G", "GGA": "G", "GGG": "G",
"CAU": "H", "CAC": "H",
"AUA": "I", "AUU": "I", "AUC": "I",
"AAA": "K", "AAG": "K",
"UUA": "L", "UUG": "L", "CUU": "L", "CUC": "L", "CUA": "L", "CUG": "L",
"AUG": "M",
"AAU": "N", "AAC": "N",
"CCU": "P", "CCC": "P", "CCA": "P", "CCG": "P",
"CAA": "Q", "CAG": "Q",
"CGU": "R", "CGC": "R", "CGA": "R", "CGG": "R", "AGA": "R", "AGG": "R",
"UCU": "S", "UCC": "S", "UCA": "S", "UCG": "S", "AGU": "S", "AGC": "S",
"ACU": "T", "ACC": "T", "ACA": "T", "ACG": "T",
"GUU": "V", "GUC": "V", "GUA": "V", "GUG": "V",
"UGG": "W",
"UAU": "Y", "UAC": "Y",
"UAA": "_", "UAG": "_", "UGA": "_"
}